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由國防科大開發的麒麟操作系統有很多，與國防科大混亂的CPU產品線一樣，這些麒麟操作系統彼此之間技術延續性也有限，比較有名的是銀河麒麟、優麒麟和中標麒麟操作系統。
另外，華為準備推出的可能被用于手機或物聯網的操作系統也被命名為麒麟。
銀河麒麟是國防科大、中軟公司、聯想公司、浪潮集團和民族恒星公司合作研制的開源操作系統。
銀河麒麟系統操作系統借鑒了 Linux、FreeBSD、Mach和 K42 等操作系統內核技術，兼顧宏內核和微內核結構的優點，自主設計了層次式內核結構。
銀河麒麟的內核結構由基本內核層和系統服務層組成，基本內核層包括硬件初始化、基本任務管理、基本存儲管理、中斷與異常處理等。系統服務層基于FreeBSD進行改進和優化,充分利用BSD操作系統的穩定性和豐富的工業標準接口，為用戶提供工業標準的網絡、文件系統等服務接口，實現了Linux二進制兼容模塊、高可用模塊和各種內核安全機制等。
銀河麒麟系統操作系統核外工具環境基于Linux開發，采用XWindow作為系統的基本圖形環境，支持Gnome或KDE桌面環境，設計了Windows風格的桌面環境和控制面板。
（銀河麒麟）
銀河麒麟曾經飽受非議的原因并不是因為基于FreeBSD進行修改——2006年的銀河麒麟操作系統內核與FreeBSD在源代碼上比較相似。
事實上，FreeBSD是完全免費開源的，FreeBSD允許他人修改并使用其源代碼，但必須聲明是修改自FreeBSD。而銀河麒麟雖然聲明過修改自FreeBSD，但在最初卻聲稱是自主知識產權，這顯然是對FreeBSD的不尊重，也是在被國外程序員非議的地方。
那國防科大為何如此作為呢？用爆紅網絡的一句話就是“妥妥的體制問題”！
現在大家耳熟能詳的操作系統都是幾十年技術積累和站在巨人肩膀上的產物，而非憑空冒出來或從零開始從新開發的。
以國內各單位、公司目前的實力，用2-3年的研發周期，有限的人力資源，4000萬人民幣的研發經費，要從零開始獨立開發一個擁有自己內核的操作系統是絕對不現實——WindowsXP有代碼4000萬行，微軟開發WindowsXP調集了5000余名程序員，在開發Vista所花費的研發費用超過了200億美元。
雷軍執掌的金山軟件重寫WPS也足足用了3年時間，耗資3000萬人民幣，而且雷軍重寫WPS，微軟開發Vista，國防科大開發銀河麒麟大致處于同一歷史時期，因此，等于是要國防科大用與開發WPS相當的時間和1.3倍的財力，開發一個操作系統......
因此，基于FreeBSD進行二次開發/深度定制就成為理所當然的選擇。但是某些領導非常喜歡“自主知識產權”，在各種文件和規定中也要求必須完全“自主知識產權”，于是就出現了明明是基于FreeBSD的二次開發，卻聲稱是完全自主知識產權的情況。
再次澄清一下，基于FreeBSD進行修改并非污點，基于Linux或FreeBSD/Unix進行二次開發/深度定制，做出自己的操作系統，這其實大多軟件廠商通行做法，比如谷歌和蘋果。污點是基于FreeBSD進行二次開發/深度定制后宣稱自主知識產權。
事實上，大部分基于BSD內核或Linux內核的操作系統都不會對系統內核做多少修改，銀河麒麟系統為了適配國產CPU和設備以及保障系統安全可控，自主設計了層次式內核結構，對系統內XWindow核進行修改、加固，并于操作系統中添加自己的內核模塊，自主化程度相對于國內其他國產系統算是比較高了，如果能沿著這條路一直走下去，不斷提升自己的代碼比例，替換國外開源代碼，開發自己的內核模塊，未嘗不是一條出路。可惜的是，已經沒有如果了。
其實基于FreeBSD/Unix進行修改的操作系統有很多，最有名的就是被小清新奉為圭臬的IOS。但有意思的是，在國內黑銀河麒麟的人相當大一部分是攻擊它基于FreeBSD進行修改，而不是沒有聲明該系統基于FreeBSD，當銀河麒麟已經聲明是基于FreeBSD后，依舊被黑得不依不饒。
歸根結底，銀河麒麟的原罪僅僅是因為它是國產。
至于為何不從0開始寫自己的操作系統，這個話題以后再說。
優麒麟是工信部、國防科大和Ubuntu系統開發商Canonical合作的產物。其實是Ubuntu系統的中文發行版，國防科大在其中添加了安全模塊。
操作系統的編寫要有很深的技術積累，其實，現在大家耳熟能詳的操作系統都不是從零開始，都是站在巨人的肩膀上，比如IOS基于FreeBSD、安卓基于Linux，而FreeBSD、Linux追根溯源都是源自unix，即使是微軟的NT內核也和unix有著千絲萬縷的聯系。
下圖為Unix發展史：
因此，Ubuntu系統也是站在巨人隊肩膀上，Ubuntu系統源自Debian系統，Debian是linux一個發行版。
因2006年沸沸揚揚的銀河麒麟抄襲事件導致銀河麒麟名聲掃地，出于未知的原因，國防科大逐漸放棄了BSD內核版的銀河麒麟的繼續開發與完善，轉而研發Linux內核的麒麟（也有可能基于BSD的麒麟純粹軍用，不向民間推廣了）。
雖然都叫麒麟，但是原來基于BSD內核修改的系統已經不再推廣，麒麟系統3.0版之后開始使用Linux內核，天河1號上運行的很可能也是Linux內核的麒麟。
2010年，民用的中標Linux操作系統和國防科大研制的銀河麒麟操作系統在上海正式宣布合并，雙方今后將共同以“中標麒麟”的新品牌統一出現在市場上，并將開發軍民兩用的操作系統。
平心而論，當初的基于BSD內核的銀河麒麟被放棄著實令人惋惜，如果當時能頂住壓力，繼續完善開發麒麟系統，而不是朝秦暮楚的話，現在麒麟操作系統的自主化程度、安全可控程度和系統成熟水平可能會好得多。
中標麒麟有面向中標麒麟桌面操作系統、中標麒麟服務器操作系統、中標麒麟云操作系統等產品。能支持X86、ARM、MIPS、Alpfa、Sparc，龍芯、申威、眾志、飛騰等國產CPU均可運行中標麒麟操作系統。
雖然中標麒麟操作系統軟件生態貧乏，但已能基本滿足上網、影音、辦公需求。雖然在民用市場毫無競爭力，但在黨政軍市場已得到一定程度的推廣和應用。舉例來說，在2015中國計算機大會上，航天科工集團706所研究員孔雷的發言中提到“航天科工集團將18個核心經營管理類應用系統進行了國產化遷移、適配、優化，實現了從處理器、操作系統到數據庫、中間件的全國產化替代，并在真實科研生產環境下開展了廣泛應用。”
龍芯中科CEO胡偉武曾在接受媒體采訪時透露，“航天科工的核心業務都轉移到國產平臺上，像這樣的應用還有一些，這只是其中一個。比如航天科工的桌面和服務器CPU大部分都是龍芯，也有部分申威飛騰，操作系統是中標麒麟，數據庫是達夢，辦公軟件WPS......”
目前，中標麒麟主要有兩個版本，一個版本由國防科大在維護，主要是針對飛騰進行優化；另一個版本是中標軟件在做，主要針對龍芯優化。另外，還有針對申威優化的版本，但不能和前兩者相比。
對于中標麒麟的市場前景，短時間內還是非常渺茫的，雖然惠普、戴爾、聯想都有預裝中標麒麟的電腦，其中戴爾中國高達40%以上的電腦預裝中標麒麟國產操作系統，但軟件生態的貧乏使其根本無法與Windows競爭，預裝中標麒麟的電腦大多在銷售過程中，被零售商安裝盜版Windows系統出售。
因此，中標麒麟的崛起必須是整個產業的崛起，哪怕操作系統做得比微軟更好，也只能孤芳自賞，何況目前的中標麒麟還有很大的改良空間。只有當龍芯/飛騰與中標麒麟建立類似于Wintel同盟的關系，并在中國半導體產業整體實力能與美國抗衡的情況下，才有可能在民用市場占據一席之地。
開源軟件，顧名思義，該軟件源代碼是開放的，該軟件也是免費使用的，而且你還可以基于開源軟件進行修改。比如Linux，是全世界程序員共同維護的，在遵守協議的前提下，中國人可以免費獲得源代碼和使用或修改Linux。
至于Liunx是否安全可控，雖然linus表示曾經有西方情報部門要求往Linux里面加一點東西，但Liunx的1500萬行代碼都是開源的，如果只是給Linux換層皮，穿馬甲，不對內核進行修改、加固，那顯然是無法保證安全可控的。但只要自己技術過硬，仔細審核源代碼，完全可以將自己認為有問題的代碼替換掉，對系統內核進行修改，添加內核安全模塊，就能保障安全可控。
目前，Linux內核有全世界程序員和國外巨頭共同維護，本身就是比較先進的內核，在技術層面上也看不到革命性變革的可能性。因此，技術層面上沒有推翻Linux內核，重寫新內核的必要性，何況Linux還是開源的、免費的。
國產操作系統的研發單位工作重點不是給Liunx換皮、穿馬甲，而是加強對開源代碼的審核力度，發現可能存在的漏洞和風險，對內核進行修改和加固。
比如為提升安全性或適配龍芯、飛騰、申威等國產CPU開發某個內核模塊，并向開源社區申請后被采納，加入到最新版本的Linux內核中。目前，已經有不少華人以這種方式實現了對Linux內核的修改。
即使開源社區未采納國人提交的代碼，國人也可以用自己編寫的代碼替換掉可能存在風險的代碼，并將新代碼集成到基于Linux的國產操作系統中。而這正是基于Linux二次開發的國產操作系統正在走路。
誠然，如中標麒麟等國產操作系統目前還不夠成熟，軟件生態也比較匱乏。但目前國內有個很不好的怪現象——很多國人對洋貨無比包容，對國產卻無比苛刻——客觀實際的指出洋貨的某些缺點和國產的少許進步，對某些人而言，仿佛殺了他親爹似的。
這種怪現象非常不利于國產操作系統的推廣。
國產操作系統的發展壯大，離不開每個國人的支持，這種支持可以是精神上的支持，也可以是情感上的包容，更現實的支持是自己使用國產操作系統，而這些都不會花費一分錢。
路漫漫，其修遠。在國產操作系統開發者們上下而求索的同時，希望全國人民能給國產操作系統一點時間，多幾分支持和包容，少幾分惡言相向。
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